A diocese de Mariana, ao final do século XVII, já havia passado pela decadência da mineração, pelo trauma da Inconfidência e se encontrava agora com a reputação bastante arranhada, em função da insistente rivalidade entre os seus padres. A fama de ter um Cabido indisciplinado, já atravessara o oceano até Lisboa e fazia com que ninguém quisesse assumir a diocese por aqueles anos. A Coroa tinha a consciência de que precisaria encontrar alguém que, ao mesmo tempo, pudesse ser misericordioso ao ponto de acalmar os ânimos e igualmente rígido para restabelecer a disciplina.
Quando foi escolhido, inicialmente Frei Cipriano resistiu à idéia, pensava estar muito velho, então com 52 anos, para tão difícil tarefa. Acabou por aceitar a indicação, não sem antes impor suas condições. Queria carta branca e poder absoluto e ainda não ter que emitir justificativas de seus atos a ninguém. Assim foi aceito pela Coroa. Foi confirmado bispo pelo papa Pio VI em Bula de julho de 1797. Tomou posse por seu procurador em agosto de 1798 e entrou solenemente na Catedral em 30 de outubro de 1799.
Logo no início de seu bispado, mostrou-se enérgico como exigia a situação, coibiu com firmeza os abusos, a ponto de ser considerado o verdadeiro fundador da disciplina do Clero. Punia quando necessário, mas não deixava de demonstrar compaixão e misericórdia para perdoar sempre que possível. Assim que conheceram a mão firme do Bispo, os próprios clérigos se convenceram de que já era hora para a pacificação.
Com a disciplina do Cabido restituída, Dom Frei Cipriano pôde se dedicar às suas outras importantes preocupações. Assim como fizeram seus dois predecessores, Dom Frei Manoel da Cruz e Dom Frei Domingos, também fez a visita geral a todo bispado. Foi um grande incentivador das artes; mandou ornar, com jardins, tanques e outras obras, o palácio episcopal. Um fato triste ocorrido em seu período foi que, mesmo tendo dedicado extremo cuidado ao Seminário, este acabou sendo fechado em 1811, por falta de recursos. Realizou diversas obras ornamentais na catedral, completando, dessa maneira, o magnífico conjunto erguido pelo primeiro bispo.
A invasão de Portugal pelos exércitos de Napoleão e a prisão de Pio VII ocorreram durante seu bispado. Manifestou-se então com eloqüência em circulares pastorais, conclamando os fiéis a rezarem pelo príncipe, pelos portugueses e pelo futuro da Coroa. Quanto ao encarceramento de Pio VII, por ordem do déspota francês, mostrou-se estarrecido e indignado com tamanha crueldade. Mais uma vez chamou os fiéis à oração, com preces pelo Santo Padre e a então consternada Igreja. Quando da chegada ao Brasil da família real, exprimiu contentamento e alívio.
Dom Frei Cipriano veio a falecer em 14 de agosto de 1817, repleto de virtudes e honras. Encerrava-se assim uma das mais úteis e proveitosas administrações episcopais de Mariana.
Fonte: SANTIAGO, Marcelo Moreira. et al. Igreja de Mariana. 261 anos de história. 100 anos como Arquidiocese: 1906-2006. Mariana: Gráfica Dom Viçoso, 2007, p. 63-66.