Quando Dom Frei Domingos da Encarnação foi eleito bispo de Mariana, haviam decorrido quinze anos desde a morte de Dom Frei Manoel da Cruz. Durante todo esse período, a diocese esteve desprovida de um pastor de fato, uma vez que os procuradores a quem havia sido entregue o governo efetivo, por sua própria condição de delegados, possuíam poder limitado de ação que os impedia de realizações maiores e de um controle mais eficiente da disciplina do clero. Quando o quarto bispo chegou à diocese, deparou-se com um Cabido dividido em facções rivais, o que traria muitos problemas ao Prelado. O episcopado de Dom Frei Domingos foi marcado pela Inconfidência Mineira, acontecimento político de maior expressão no período colonial. Apesar do envolvimento de, pelo menos, oito padres de seu Cabido com os inconfidentes, o bispo optou, em suas pastorais, pelo silêncio acerca de tão marcantes acontecimentos. Entre os clérigos envolvidos com a famosa conjuração, destaca-se a figura do eminente mestre de filosofia do Seminário de Mariana, o cônego Luis Vieira da Silva, considerado por muitos o verdadeiro ideólogo da Inconfidência.
Foi na seara social que o quarto bispo de Mariana marcou sua administração. Sua inconteste defesa dos mais fracos, inclusive escravos, viria dar- lhe fama de santo entre seus diocesanos. Percorreu, por mais de uma vez, todas as paróquias da diocese em suas visitas pastorais.
Dedicou-se com esmero à causa do Seminário, elevando consideravelmente o número de desamparados aceitos pela instituição. Reformou a Catedral, abalada em seus fundamentos por um formigueiro. Ampliou o palácio episcopal, dotando-lhe de um pavilhão artístico.
O já mencionado clima de rivalidade entre o Cabido da diocese elevava a grau insustentável a indisciplina dos clérigos de então. Talvez fosse este o motivo que levara Dom Frei Domingos a fixar residência em Vila Rica, para não presenciar diariamente as cizânias e os feitios que tanto entristeciam o valoroso prelado. Faleceu em Vila Rica, em 16 de junho de 1793.
Fonte: SANTIAGO, Marcelo Moreira. et al. Igreja de Mariana. 261 anos de história. 100 anos como Arquidiocese: 1906-2006. Mariana: Gráfica Dom Viçoso, 2007, p. 59-62.